网络金融的发展，使监管当局面临着重要抉择。利用过去的金融监管方式管理网络金融业，显然已不合时宜。适应网络金融的新特点，要求建立新的监管标准，调整监管的结构和更新技术，创新传统的金融监管手段。对网络金融的监管可以分为两个大的方面，一是针对网络金融机构提供的网络金融服务进行监管；二是针对网络金融对国家金融安全和其他管理领域形成的影响进行监管。鉴于网络金融的特殊性，对其的监管目前应主要体现在带有全局性的问题。
(一)对网络金融的服务程式和真实性的监管
实际上，网络金融机构可以更准确地被定义为一种先进的网络金融服务系统，对该系统中金融服务的确切性、真实性、合规性的监管应是网络金融监管的重点。首先，网络金融机构的业务应符合国家的金融政策，尤其是要控制网络金融机构利用其相对于传统金融服务方式的低成本优势进行不正当竟争。其次，对于网络金融机构提供的各项金融服务，因各金融机构间发展特色及例重点各异，在相似名义下的金融服务内容，尤其是使用该项服务的用户若接受不同的协议，必将造成整个服务提供的混乱。因此，应形成一套规范化的“行业服务规范”。对在线支付、网上保险、网上证券交易等各种网络金融服务进行条例式的规定。网络金融的优势之一在于将服务的空间范围极大地扩展而吸引客户。那么服务标准的制定则是整合网络金融资源的基础。这些标准的制定应由最高监管机构负责，同时赋予这些标准以强制性色彩。
就服务的真实性监管而言，应当建立网络金融交易确认系统。对于每一笔网络金融业务，用户有权利提出交易确认。例如，必须通过安全的签名电子邮件或其他方式请求用户给予最后确认，并且保证每一笔资金的流向都有最后接受人的确保。对于在同一银行的两个账户之间的转账业务同样需要银行的确认。这是保证金融交易安全及交易真实有效的必要措施。
(二)对网络金融系统安全的监管
网络金融发展最关键的因素是安全问题，如何确保交易安全是网络金融发展的关键。强制要求网络金融机构采取防火墙、虚拟保险箱和其他加密技术来保护自己并保护客户利益不受损害是极其必要的。监管当局应成立专门的技术委员会对网络金融的系统安全进行资格认证和日常监管，对网络金融机构的系统分布安全提出监管规范，要求其按任务要求，层层设墙。从整个网站设计安全运作的高度，从9个安全环节人手实施网络安全的控制和管理，结合网络防病毒一并考虑，进行网络实时、动态测试，在不断遭受攻击或意外事故的同时让网络防护措施不断加强。
应该意识到，对网络金融的系统安全监管始终是有限的，网络失败的可能性的客观存在。因此，从政策上规定网络金融机构的风险责任分摊机制同样极具现实意义。对网络金融而言，有的损失比较容易分摊责任，有的则很困难，如人力不可抗拒的灾害事件、黑客入浸等造成的损失。从长远发展看，监管者应让网络金融机构承担大部分此类风险，以迫使金融机构不以高度技术化的系统安全为借口损害客户利益。
(三)对消费者的权益进行监管
面对网络金融，消费者和顾客处于一个信息不对称的被动地位，与网络金融机构相比，消费者是网络技术背景下的弱势群体。除了消费者应注意加强自身风险意识外，风险控制的主动权很大程度上取决于监管者和网络金融服务的提供者。
应当避免网络金融机构利用自身的隐蔽行动优势向消费者推销不合格的服务或低质量高风险的金融产品，损害消费者利益。网络金融机构对客户资料和账户交易资料有保密的义务，未经客户许可或特定执法机关执法要求金融机构不可以将客户资料向第三方提供。此外，还应当考虑与网络金融高技术服务特点相应的责任。由于网络金融服务隐含了对高效率时间利用和使用便捷的承诺，客户通过网络金融完成金融交易时责任一方对损害的赔偿不仅应包括对市场交易直接成本的赔偿，还应包括对市场交易效率成本的合理赔偿。比如，消费者接受网上银行业务和参与电子货币行为的动机在于其便利和效率如果因为网上银行人为或技术的原因，丧失应有的便利性，不能及时获得流动性、不能按预期的高效率实现支付结算功能等，那么除了由此造成的直接损失外，对间接损失也应该适当考虑由事先承诺提供这些便利的金融机构来承担。
(四)对利用网络金融方式进行犯罪的监管
网络金融及电子商务的特点在子用户的分散、隐匿.向开户账户键人一串代码，就可享受各式金融服务，资本也可实现跨国流动。这就为网络“洗钱”、公款私存、偷税漏税等犯罪活动提供便利。基于网络金融的飞速发展，犯罪分子无疑会进行充分的“网络犯罪创新”，各国中央银行及早防范并进行监管是整个网络安全健康发展的重要一环。为防范网络金融犯罪，中央银行可以通过立法，并建立自身的数字认证中心，以签发代表网络主体身份的“网络身份证”，来对参与网络金融交易的企业和个人进行识别，以加强对进人网络系统的资金来源和流向的合法性审核。
